Назначение Совета системы – представлять независимое экспертное мнение о результативности и эффективности системы добровольной лесной сертификации, давать рекомендации по приоритетным направлениями развития, содействовать совершенствованию нормативной базы «Лесного эталона», а также помогать развитию системы, взаимодействуя с федеральными и региональными органами государственной власти, профильными профессиональными объединениями и организациями.
Совет системы сформирован Координационным советом АНРГ из членов Ассоциации.

Работу Совета системы регламентирует «Положение о Совете системы».